Zollsituation Ehrenfels, aus: Merian (1646)
Nach dem Tod Philipps von Bolanden kam die Burg 1222 nach einer königlich richterlichen Entscheidung an das Erzbistum Mainz und wurde zu einer Landesburg, die spätestens im frühen 14. Jahrhundert nachweislich die Funktion einer Zollburg erfüllte. Von 1301 – 1307 gelangte die Burg in den Besitz König Albrechts, nachdem Erzbischof Gerhard im Kampf dem königsnahen Kurfürsten unterlag. 1307 konnte der Bischof Ehrenfels jedoch wieder einlösen. In diesem Zusammenhang erhielt er auch die Zollrechte zurück, wobei der so genannte Ehrenfelser Zoll erstmals schriftlich erwähnt wurde.
In der zweiten Mainzer Stiftsfehde verpfändete das Erzstift 1353 die Burg an Kuno von Falkenstein, der bereits drei Jahre zuvor in ihr Zuflucht suchte.

Ansicht der Burg Ehrenfels, aus: EBI Grafikarchiv
Nach einer ersten Besetzung durch Erzbischof Gerlach von Nassau gelang es dem Erzbistum 1356, die Burg wieder zu erobern.
Ein Jahr später wurde die immer mehr an Bedeutung gewinnende Anlage an das Domkapitel verpfändet und von Amtleuten verwaltet. Spätestens in dieser Zeit, vielleicht aber auch schon durch Kuno von Falkenstein einige Jahre zuvor, wurde Ehrenfels gänzlich umgebaut und zu einer Residenz umfunktioniert. Dabei wurde die Anlage auch nach Osten erweitert, wo eine Vorburg angelegt wurde.
Die durch all diese Baumaßnahmen in ihrer Fortifikation erheblich gestärkte Anlage, beherbergte 1374 kurzzeitig den Mainzer Domschatz – ein Indiz für deren vermeintliche Sicherheit. Spätestens 1379 ist die Burg im Besitz des Mainzer Domkapitels. 1401 wird die Burgkapelle genannt, 1419 wird Konrad III. auf Ehrenfels zum Erzbischof gewählt.

Zeichnung von Tombleson, Stich von Jones, aus: Tombleson, William: Tombleson's Views of the Rhine, Tombleson & Co., London 1832, EBI Grafiksammlung
In der Folgezeit verliert die Burg, die lange Zeit in Verbindung mit dem Mäuseturm im Rhein sowie einem unterhalb von Ehrenfels errichteten Zollhaus den Schiffsverkehr überwachte, immer mehr an Bedeutung, was sich auch in den nur spärlich vorhandenen Quellen des späten Mittelalters niederschlägt.
1631-35, während des 30-jährigen Krieges, wurde die Burg Ehrenfels immer wieder von schwedischen und kaiserlichen Truppen besetzt. Wie Abbildungen von 1638 und 1640 zeigen, blieb die Anlage offensichtlich von Schäden weitestgehend verschont. Das Zollhaus war zu diesem Zeitpunkt jedoch bereits zerstört. Dieses Schicksal ereilte die Burg erst 1689, nachdem die französischen Truppen Ludwigs XIV. sie planmäßig in Brand setzten.

1803 war Ehrenfels Nassauisches Dominialgut. 1866 ging die Burg an Preußen über und befindet sich seit 1945 im Besitz des Landes Hessen.
Durch ihre imposante Lage ist die Ruine Ehrenfels auch heute noch ein begehrtes Fotomotiv und wird – zusammen mit dem Mäuseturm - als Eingang in das obere Mittelrheintal bezeichnet.